MTs Negeri 3 Bogor membuka Jalur Afirmasi pada PMB Tahun Ajaran 2026/2027. Jalur ini diperuntukkan bagi murid dari keluarga ekonomi tidak mampu (KETM) serta Murid Berkebutuhan Khusus (MBK).
Pendaftaran online dibuka pada 16–19 Mei 2026, verifikasi data dan berkas pada 20–21 Mei 2026, tes BTQ dan wawancara pada 22 Mei 2026, serta pengumuman kelulusan pada 26 Mei 2026.